對于備受關(guān)注和猜測的跨行轉(zhuǎn)賬費用，也在超級網(wǎng)銀上線后幾日塵埃落定。目前絕大多數(shù)銀行的超級網(wǎng)銀跨轉(zhuǎn)費用基本等同于其普通網(wǎng)銀轉(zhuǎn)賬費用，僅有少數(shù)銀行某些費用有所提高。
　　目前中國銀行、工商銀行、建設(shè)銀行、交通銀行等行，超級網(wǎng)銀跨轉(zhuǎn)費用與其普通網(wǎng)銀持平，沒有變化。而中信銀行和民生銀行客服人員表示，現(xiàn)階段使用該行的系統(tǒng)登錄超級網(wǎng)銀進行同城跨行轉(zhuǎn)賬，不收取任何費用。如果使用本行系統(tǒng)進行同城跨行轉(zhuǎn)賬，卻會收取一定的費用。
    相比之下，招商銀行和興業(yè)銀行在某些業(yè)務(wù)上收費則有所提高。
　　招商銀行客服人員表示，用招行的超級網(wǎng)銀進行跨轉(zhuǎn)時，無論同城還是異地，手續(xù)費均按每筆轉(zhuǎn)賬金額的0.6%收取，最低5元，最高50元，這項費用與招行普通網(wǎng)銀的異地跨行轉(zhuǎn)賬費用相同，而其普通網(wǎng)銀同城跨行轉(zhuǎn)賬是每筆2元。所以用招行超級網(wǎng)銀進行同城跨轉(zhuǎn)的收費則高于其普通網(wǎng)銀。不過招商銀行金葵花客戶依然保留了跨轉(zhuǎn)免費的優(yōu)惠，金葵花客戶在使用超級網(wǎng)銀跨轉(zhuǎn)時依然不收取手續(xù)費。
　　興業(yè)銀行的客服人員則表示，如果在興業(yè)銀行使用超級網(wǎng)銀進行同城跨行轉(zhuǎn)賬，1萬元以下（含）每筆收取5.5元，1萬元至5萬元（含）轉(zhuǎn)賬每筆收取10.5元，雖然這一費用與多數(shù)銀行相同，但是使用該行網(wǎng)銀進行同城跨行轉(zhuǎn)賬則是免費的。
　　除了跨轉(zhuǎn)收費問題以外，超級網(wǎng)銀的安全問題也成為被關(guān)注的焦點。
　　“超級網(wǎng)銀”一經(jīng)推出必將擴大在線交易的市場規(guī)模，隨之而來是，伴隨“超級網(wǎng)銀”衍生出的交易安全風(fēng)險級別也陡然提高。與之前的普通網(wǎng)銀相比，一旦超級網(wǎng)銀用戶受到木馬病毒襲擊，繼而泄露賬號、密碼、甚至口令卡、U盾等安全信息被破解，那么用戶失去的將不僅僅是一家銀行的存款。
　　而且目前，如果想要開通多家銀行的超級網(wǎng)銀，除了要經(jīng)過復(fù)雜認(rèn)證手續(xù)外，還需要在每家銀行都辦理U盾等“安全鑰匙”，如果開通10家銀行的超級網(wǎng)銀，就意味著用戶要持有10個U盾，作為硬件的U盾本身遺失風(fēng)險也在提高。
　　采訪中，多家安全軟件開發(fā)方都對記者表示，他們正在開發(fā)升級自己的產(chǎn)品，卡巴斯基正在完善其軟件產(chǎn)品“安全部隊”，這款軟件是為徹底解除在線交易隱患而專門研發(fā)的產(chǎn)品。